Kongressen er Fødevareforbundets øverste myndighed. Fødevareforbundets ordinære kongresser afholdes hvert fjerde år. Den seneste blev afholdt i 2008.

Hovedbestyrelsen er Fødevareforbundets højeste myndighed mellem kongresserne.

Daglig ledelse består af forbundsformand Ole Wehlast, næstformand Jens Peter Bostrup og hovedkasserer Niels Sørensen.

Fødevareforbundet NNFs politiske struktur består desuden af en række følgegrupper og udvalg.

 Se, hvem der sidder i de forskellige udvalg og grupper

Alle medlemmer af Fødevareforbundet NNF er valgbare og stemmeberettigede til tillidsposter efter forbundets love.